Для работы с ЕГАИС прежде всего необходимо приобрести защищенный носитель JaCarta или РуТокен и усиленную квалифицированную электронную подпись (КЭП), которая будет использоваться для входа в личный кабинет на портале ЕГАИС, а также для подписания электронных документов (товарно-транспортных накладных и актов) перед их фиксацией в ЕГАИС. Росалкогольрегулирование принимает КЭП, выданную любым удостоверяющим центром, аккредитованным Минкомсвязи России, которая соответствует требованиям Федерального закона от 06.04.2011 № 63-ФЗ «Об электронной подписи». По требованиям ФСРАР для фиксации документов в ЕГАИС в каждой торговой точке с отдельным КПП должен быть собственный аппаратный крипто-ключ JaCarta или РуТокен с записанным на него сертификатом КЭП.